Quỹ Giao lưu Quốc tế Nhật Bản hằng năm đều có các chương trình tài trợ cho các hoạt động ở ba lĩnh vực chính Giao lưu Văn hóa Nghệ thuật, Nghiên cứu Nhật Bản và Đối thoại quốc tế, và Giáo dục tiếng Nhật. Các hồ sơ hợp lệ sẽ được hỗ trợ tài chính, học bổng nghiên cứu, các chương trình huấn luyện giáo dục tiếng Nhật, và các hình thức hỗ trợ khác. Các chương trình do Quỹ Giao lưu Quốc tế Nhật Bản trực tiếp điều hành thực thi sẽ được các trung tâm, văn phòng đại diện của Quỹ tại các quốc gia (Việt Nam) có nhiệm vụ nhận hồ sơ và gửi tới văn phòng Quỹ tại Nhật Bản.
  Vào tháng 9 hằng năm, Quỹ Giao lưu Quốc tế Nhật Bản sẽ thông báo các chương trình tài trợ dành cho các dự án bắt đầu thực hiện trong năm tài chính Nhật Bản tiếp theo (Bắt đầu từ 1/4 và kết thúc vào 31 tháng 3 năm tiếp theo) qua bộ Hướng dẫn tài trợ được đăng trên website chính thức của Quỹ. Vui lòng truy cập vào websie chính thức của Quỹ để tham khảo các chương trình tài trợ với thông tin chi tiết  https://www.jpf.go.jp/e/program/index.html